Nacque da una relazione clandestina fra l'imperatore Carlo V e una tessitrice di arazzi, Giovanna van der Gheynst. Fu chiamata Margherita in onore della zia dell’imperatore, allora governatrice dei Paesi Bassi.
5 Luglio 1522Fu promessa sposa ad Alessandro de' Medici, e in questa data fu accolta con solenni festeggiamenti a Firenze
13 Gennaio 1533Fu celebrato nella chiesa di S. Lorenzo di Firenze. Margherita aveva 14 anni, il marito 26.
13 Giugno 1536Solo un anno dopo le nozze Alessandro de' Medici fu ucciso in un agguato dal cugino, Lorenzaccio, lasciando Margherita vedova.
6 Gennaio 1937Sebbene chiesta in sposa da Cosimo I de' Medici, Margherita a 19 anni fu costretta a sposare Ottavio Farnese, di due anni più piccolo. Portava in dote tutta la ricchezza di una Medici, tra cui villa Madama a Roma e importanti pezzi d'arte e oreficeria, tra cui la Tazza Farnese, il più grande cammeo dell'antichità. Il matrimonio fu celebrato nella Cappella Sistina alla presenza del papa, Paolo III.
4 novembre 1540Dopo innumerevoli rifiuti da parte di Margherita di consumare il matrimonio con Ottavio, ritenuto rozzo e non adatto a lei a tal punto che la Madama dichiarava di volersi gettare nel Tevere piuttosto che sposarlo, alla fine nacquero due gemelli, Carlo e Alessandro.
1545Margherita è nominata Governatrice dei Paesi Bassi.
1559Nel 1568, dopo la revoca a governatrice dei Paesi Bassi, fece ritorno in Italia, nel suo amato Abruzzo che allora componeva i cosiddetti Stati Farnesiani, con capitale Penne.
1568Margherita diventa governatrice della città: riunisce intorno a sé, a Palazzo Margherita, intellettuali, artisti, architetti, e dà un impulso fondamentale alla cultura cittadina. Uno dei suoi più fedeli servitori, Francesco de Marchi, alpinista e speleologo, fu il primo a scalare il Gran Sasso.
1572Margherita acquista la città di Ortona, attratta dalla sua posizione e dal suo clima, e vi fece costruire la sua dimora personale, Palazzo Farnese, dando l'incarico a Giacomo della Porta, colui che aveva costruito tra le altre cose la cupola di San Pietro a Roma.
1582La Madama morì a Ortona all'età di 64 anni, e per suo volere le spoglie furono trasferite a Piacenza in un apposito mausoleo nella chiesa di San Sisto.
1586